Im Jahr 1956 wurde das östlich des Spessartrings gelegene Gemeindegebiet der Martinsgemeinde, dessen Bewohnerzahl durch Neubauten ständig wuchs, zum Ostbezirk zusammengefasst. Die Gottesdienste in diesem Bezirk fanden in einem Nebengebäude am Heiligkreuzberg (Dieburger Straße 234) statt, wo Familie Bäulke der Kirchengemeinde einen Saal zur Verfügung stellte.
1960 begann der Bau des Gemeindezentrums an der Flotowstraße nach Entwürfen von Prof. Peter Grund. Am Ostermontag im Jahr 1961 wurde das neue Gemeindehaus im Beisein von Kirchenpräsident Martin Niemöller feierlich eingeweiht. Im April desselben Jahres wurde Pfarrer Dr. Theodor Schleiermacher zum ersten Pfarrer der nun selbstständig gewordenen Thomasgemeinde ernannt.
Im Herbst 1963 eröffnete im Gemeindezentrum ein Kindergarten mit mehreren Gruppen. Als die Räumlichkeiten dafür zu klein wurden, beschloss der Kirchenvorstand der Thomasgemeinde, den Entwurf von Prof. Grund für eine Kirche nicht zu realisieren und stattdessen einen Kindergarten zu bauen. Mit der Planung wurde der Architekt Martin Dehnhard beauftragt.
Im Jahr 1993 wurden am 1. Advent die Glocken der Thomasgemeinde eingeweiht. Sie wurden ebenso wie der bereits im August errichtete Glockenträger vollständig aus Spenden finanziert. Im März 1995 wurde auf dem Glockenträger ein Turmkreuz montiert.
Das Gebiet um die Thomaskriche ist ein Wohnviertel, das stark durch Einfamilienhäuser geprägt ist, zu dem aber auch eine Reihe an Mehrfamilienhäusern sowie das Studentenwohnheim am Karlshof gehören. Entsprechend gemischt ist daher die Zusammensetzung der hier lebenden Gemeindeglieder. In der Bevölkerung des Viertels vollzieht sich zudem seit einigen Jahren ein Generationenwechsel, so dass inzwischen auch wieder viele jüngere Menschen zur Gemeinde gehören. Durch zwei im Viertel liegende Altenzentren gibt es im Bezirk der Thomaskirche einen hohen Anteil an älteren Menschen.